תהליך פירוק והרכבה בדיזל דרומית מתבצע באופן הבא:
ראשית מכניסים את החלקים לניקוי ושטיפה באמצעות מתקן שטיפה מיוחד.
לאחר מכן, מבצעים פירוק של המשאבה או המרסס. מתבצעת בחינה של החלקים ולאחר מכן מחליפים את החלקים הנתונים לשחיקה.
סופו של התהליך הוא הרכבת המרססים והמשאבות והרכבתם על מתקני הבדיקה והכיול.
תהליך פירוק והרכבה של המרססים והמשאבות מתבצע בסביבה נקייה, בדגש על סטריליות בזמן ההרכבה – נושא חשוב במיוחד במסילה משותפת עקב הצורך לשמור על חלקים נקיים.